Veškeré „otevřené" operace (např. odstranění ledviny či prostaty) či laparoskopické urologické operace jsou prováděny na operačním sále, který je součástí Oddělení operačních sálů. Po náročných operacích (jako např. radikální nefrektomie či radikální cystektomie) jsou pacienti překládání na nezbytně nutnou dobu (za účelem stabilizace stavu) na JIP Kliniky anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny.
Endoskopický vyšetřovací trakt
Nachází se ve 3. patře lůžkového monobloku. Jeho součástí je endoskopický urologický sál (zde se provádí např. transuretrální resekce prostaty) a endoskopický sál vybavený RTG přístrojem (zde se provádí např. ureteroskopie).