Témata disertačních prací pro rok 2026/2027

AR 2026/2027
Doktorský studijní program
Klinická biochemie, patobiochemie a laboratorní medicína
Tematické okruhy a konkrétní témata:

 

1. Oblast klinická biochemie a patobiochemie

Školitelé a školitelé-konzultanti: prof. MUDr. David Stejskal, Ph.D.; doc. RNDr. Pavlína Kušnierová, Ph.D., doc. MUDr. Tomáš Šálek, Ph.D.; RNDr. Zdeněk Švagera, Ph.D., Mgr. Pavel Šištík, Ph.D.

• Téma: Využití nových biomarkerů v kardiovaskulární problematice 

Školitel: prof. MUDr. David Stejskal, Ph.D.

Školitel - konzultant:

Anotace: kardiovaskulární komplikace je souhrn clusterů diagnóz spojených s chorobami srdce a velkých cév.

V posledních desetiletích exponenciálně rostou informace o měření potencionálních biomarkerů rizika, diagnózy či prognózy. Náplň a cíl práce doktoranda bude výběr nových biomarkerů KVK, jejich zavedení a ověření klinické efektivity a diskuse o možném zavedení do praxe.

Další témata mohou být ustanovena po konzultaci školitel – uchazeč.

2. Oblast lékařská chemie

Školitelé a školitelé-konzultanti: prof. MUDr. David Stejskal, Ph.D.; doc. RNDr. Pavlína Kušnierová, Ph.D.; doc. MUDr. Tomáš Šálek, Ph.D.; RNDr. Zdeněk Švagera, Ph.D.

Konkrétní téma bude stanoveno po konzultaci školitel – uchazeč.

3. Oblast fyziologie a patologická fyziologie

Školitelé a školitelé-konzultanti: doc. MUDr. Marek Bužga, Ph.D., doc. MUDr. Jen Máca, Ph.D.

• Téma: Metabolismus a myokiny

Školitel: doc. MUDr. Marek Bužga, Ph.D 

Školitel - konzultant: -

Anotace: Diagnostika sarkopenie a sarkopenické obezity je v současnosti omezena na klinická vyšetření zobrazovací metody. Zvláště zobrazovací metody jako CT nesou radiační zátěž a MRI je spíše určena pro výzkum svalové tkáně. Laboratorní vyšetření markerů svalové tkáně by mohly být nesporným přínosem pro diagnostiku sarkopenie a pro klinické hodnocení funkce a kvality svalové tkáně. Stanovení nových nebo využité v současnosti známých analytů v cirkulující krvi by mohly vést k zlepšení prognózy, léčby a rehabilitace u širokého spektra pacientů a to jak v geriatrii, onkologii, ortopedii tak i intenzivní péče kriticky nemocných pacientů.

Další témata mohou být ustanovena po konzultaci školitel – uchazeč.

• Téma: Multimodální hodnocení regeneračního potenciálu kloubní chrupavky u pacientů se super-obezitou po bariatrické chirurgii: longitudinální studie MRI T2 mapování a sérologických biomarkerů obratu extracelulární matrix

Školitel: doc. Mgr. Marek Bužga, Ph.D.

Školitel - konzultant: -

Anotace: Těžká obezita (BMI 40–55 kg/m²) představuje extrémní stupeň mechanického a metabolického zatížení kloubní chrupavky. Bariatrická chirurgie indukuje rychlou a trvalou redukci hmotnosti, která může příznivě ovlivnit homeostázu chrupavky prostřednictvím snížení mechanického stresu i adipokinové dysregulace. Dosud chybí longitudinální studie zaměřená na dynamiku anabolických sérologických biomarkerů v kontextu strukturálních změn chrupavky hodnocených kvantitativním MRI v tomto specifickém souboru. Primárním cílem je longitudinálně hodnotit dynamiku sérologických biomarkerů obratu extracelulární matrix (ECM) — zejména PRO-C2, PIIANP, sCOMP a sCTX-II — u pacientů s těžkou obezitou v průběhu 24 měsíců po bariatrické chirurgii. Sérologická data budou korelována s výsledky MRI T2 mapování kolenní chrupavky, které je předmětem paralelní dizertační práce v rámci téhož projektu. Prospektivní observační longitudinální kohortová studie. Soubor tvoří pacienti s BMI 40–55 kg/m² indikovaní k bariatrické chirurgii. Hodnocení probíhá preoperativně a v časových bodech 3, 6, 12, 18 a 24 měsíců po výkonu. Sérologické biomarkery jsou stanovovány z lačné krve standardizovanými metodami. Statistická analýza zahrnuje smíšené lineární modely s adjustací na fyzickou aktivitu, typ bariatrického výkonu, pohlaví a subchondrální kostní metabolismus (sCTX-I). Součástí protokolu je a priori výpočet statistické síly pro primární výstupy.

Další témata budou stanovena po případné konzultaci školitel – uchazeč.

4. Oblast lékařská genetika

Školitelé a školitelé-konzultanti: doc. RNDr. Pavlína Kušnierová, Ph.D.

Konkrétní téma bude stanoveno po konzultaci školitel – uchazeč.

5. Oblast laboratorní medicína

Školitelé a školitelé-konzultanti: prof. MUDr. David Stejskal, Ph.D.; doc. RNDr. Pavlína Kušnierová, Ph.D.; doc. MUDr. Tomáš Šálek, Ph.D.; RNDr. Zdeněk Švagera, Ph.D., doc. MUDr. Jan Máca, Ph.D., MUDr. Žondra-Revendová, Ph.D.; MUDr. Richard Novo

bilský, Ph.D. 

• Téma: Adherence klinických laboratoří ČR k současnému mezinárodnímu klinicko-laboratornímu doporučení 

Školitel : doc. MUDr. Tomáš Šálek, Ph.D.

Školitel - konzultant: -

Anotace: Cílem je definovat současný state of art dle daného doporučení, které si student vybere. Dotazníkovým šetřením v externí kontrole kvality se zjistí, jaké laboratoře používají analytické metody stanovení, zda jsou měření standardizovaná s návazností měření na mezinárodní standard. Dále bude věnována pozornost, jaké laboratoře používají referenční rozmezí a rozhodovací limity, případně výpočty. Laboratoře budou informovány o výsledcích dotazníkového šetření s edukací o správné praxi. S odstupem času se může dotazník zopakovat a porovnat s předchozími výsledky.

• Téma: Role laboratorních biomarkerů v diagnostice kognitivního deficitu 

Školitel : doc. RNDr. Pavlína Kušnierová, Ph.D. 

Školitel - konzultant: MUDr. Richard Novobilský, Ph.D.

Anotace: Se zvyšujícím se věkem dožití narůstá i počet jedinců s trpících různými formami demence. Nejčastěji se jedná o různá stadia Alzheimerovy choroby (AD). Toto onemocnění dnes není ještě možno vyléčit, je-li však podchyceno v jeho časných stadiích, je možné jeho průběh zpomalit. Ukazuje se, že kombinace kognitivních testů a vhodně zvoleného laboratorního vyšetření může sloužit k ekonomicky a provozně akceptovatelné diagnostice a průběžnému sledování stavu jedinců jak v preklinickém a počátečním stavu nemoci, tak i dalším průběhu AD a upravovat tak cíleně terapii. Z laboratorních vyšetření se ukazuje v poslední době jako nejefektivnější stanovování pTau217 proteinu v plasmě nebo v séru. Jako další sérologická vyšetření, která v odůvodněných případech mohou pomoci k potvrzení a objasnění anamnézy mohou dnes pomoci také stanovení APOE4, poměru Aβ42/Aβ40, pTau/tTau, NfL, popř. dalších proteinů. Cílem studie bude provést analýzu vybraných biomarkerů u pacientů v preklinickém a různých klinických stadiích AD a jiných demencí, validovat / verifikovat dané metody pro stanovení v séru / plasmě. Výsledky korelovat s výsledky testů hodnotící kognitivní funkce (MMSE, BDI II, IAD, MCI úroveň kognitivních funkcí, IQ a další).

• Téma: Laboratorní skórovací systémy v intenzivní medicíně

Školitel: doc. MUDr. Jan Máca, Ph.D. 

Školitel - konzultant: -

Anotace: Laboratorní vyšetření jsou nedílnou součástí diagnostiky a monitorace pacientů v intenzívní medicíně. Vytvoření nových, nebo modifikace, a využití, stávajících laboratorních skórovacích systémů, by mohlo vést nejen k lepšímu posuzování průběhu onemocnění, adekvátnějšímu nastavení intervencí, ale také k zpřesnění odhadu klinického výsledku kriticky nemocných.

Další témata budou stanovena po případné konzultaci školitel – uchazeč.

6. Oblast klinické mikrobiologie

Školitelé a školitelé-konzultanti: Mgr. Radim Dobiáš, Ph.D.

• Téma: Integrovaný národní dohled nad rezistencí vůči antimykotikům u rodu Candida: Klinické a environmentální perspektivy v České republice 

Školitel: Mgr. Radim Dobiáš, Ph.D.

Školitel - konzultant: -

Anotace: Infekce krevního řečiště způsobené kvasinkami patří mezi časté infekční komplikace u hospitalizovaných, zvláště pak u kriticky nemocných pacientů. V posledním desetiletí se díky novým terapeutickým přístupům zvyšuje počet těchto infekcí a dochází ke změnám spektra patogenních zástupců rodu Candida. V minulosti dominující druh C. albicans, který je obvykle dobře citlivý k antimykotikům, je postupně nahrazován nonalbicans druhy (C. parapsilosis, C. auris a další), které často mají sníženou citlivost k antimykotikům, včetně získané rezistence. Cílem projektu je vytvořit platformu pro dlouhodobý monitoring prevalence původců kandidémií a jejich citlivosti k antimykotikům (standardizovanou metodikou EUCAST) ve zdravotnických zařízeních v ČR. Výstupem bude elektronická surveillance databáze sloužící jako nástroj monitorující druhovou diverzitu rodu Candida a trendy v šíření získané rezistence v ČR. U fenotypově prokázaných rezistencí bude zjištěn jejich molekulárně-genetický podklad. Klíčovým aspektem tohoto výzkumu je zjištění přítomnosti rezistentních kmenů čtyř vybraných druhů Candida v odpadních vodách zdravotnických zařízení v čase. Cílem je zjistit, jak koreluje spektrum druhů u pacientů, v odpadních vodách z nemocnic před a po průchodu čistírnou odpadních vod, a zda selektivní tlak způsobený používáním antimykotik, které se do odpadních vod dostávají, přispívá k potenciálnímu šíření rezistentních organismů do prostředí a zdravotnických zařízení. Tento přístup zahrnuje prospektivní monitoring azolových antimykotik v odpadních vodách spolu s rezistentními patogeny, což může poskytnout kritická pilotní data pro vývoj metodiky celoplošného dohledu v ČR. Tento výzkum je součástí projektu AZV MZČR (NW26-09-00502) a zároveň náplň práce studenta představuje významný krok k lepšímu pochopení epidemiologie kvasinkových infekcí a mechanismů rezistence, což je klíčové pro efektivní prevenci a léčbu těchto infekcí. Tento systematický přístup umožní včasnou identifikaci a reakci na šířící se rezistentní patogeny, čímž přispěje k ochraně veřejného zdraví.

Další témata budou stanovena po případné konzultaci školitel – uchazeč.

7. Oblast laboratorní diagnostiky ve vnitřním lékařství

Školitelé a školitelé-konzultanti: prof. MUDr. Jan Václavík, Ph.D.

Konkrétní téma bude stanoveno po konzultaci školitel – uchazeč.

8. Oblast imunologie

Školitelé a školitelé-konzultanti: prof. MUDr. Vojtěch Thon, Ph.D., MUDr. Ing. David Zeman, Ph.D., RNDr. Matouš Hrdinka, Ph.D.

• Téma: Epigenetické dopady chronické CMV infekce na hematopoetické progenitory (CD34+) a jejich vztah k imunosenescenci

Školitel: RNDr. Matouš Hrdinka, Ph.D.

Školitel - konzultant: -

Anotace: Projekt se zaměřuje na studium vlivu chronické cytomegalovirové (CMV) infekce na epigenetické stárnutí hematopoetických progenitorových buněk (CD34+ HSC) jako možného mechanismu rozvoje imunosenescence. Cílem je porovnat DNA metylační profily CD34+ buněk u CMV-seropozitivních a CMV-seronegativních zdravých dárců a propojit zjištěné epigenetické změny s fenotypem periferní imunity hodnoceným pomocí průtokové cytometrie. Projekt kombinuje epigenomické analýzy  s funkčním imunologickým profilováním a využívá také veřejně dostupná data k předběžné in-silico exploraci biologických drah. Očekávaným výstupem je identifikace epigenetických signatur spojených s CMV a návrh biomarkeru „HSC-ImmuneAge“, který by mohl přispět k lepšímu pochopení mechanismů imunitního stárnutí a vytvořit základ pro další translační výzkum.

• Téma: Detekce monomerů a dimerů volných lehkých řetězců v biologických tekutinách 

Školitel: MUDr. Ing. David Zeman, Ph.D.

Školitel konzultant: -

Anotace: Volné lehké řetězce (free light chains, FLC) se v biologických tekutinách vyskytují převážně v monomerní a dimerní formě. Zastoupení obou těchto hlavních forem se liší jak mezi oběma typy FLC (FLC kappa se vyskytují převážně jako monomery nebo nekovalentně vázané dimery, FLC lambda převážně jako kovalentně vázané dimery), tak mezi různými biologickými tekutinami (např. sliny obsahují vyšší zastoupení dimerních forem oproti séru), tak za různých patologických stavů (např. roztroušená skleróza, AL amyloidóza), kde může určitým způsobem odrážet i klinický průběh. Zcela neprozkoumán je tento poměr u řady dalších onemocnění s potenciální úlohou FLC v jejich imunopatogenezi. Zastoupení monomerních a dimerních forem lze zjišťovat metodou SDS elektroforézy v neredukujících podmínkách s následnou dostatečně citlivou imunodetekcí. Při použití vhodných vyhodnocovacích postupů se lze pokusit i o přibližný odhad koncentrací monomerní a dimerní formy ve vzorcích. Metoda tak může být i užitečným doplňkem rutinního stanovení, které je zatíženo nepřesností vycházející z odlišné reaktivity používaných protilátek v diagnostických kitech s monomery a dimery FLC.

 Další témata budou stanovena po případné konzultaci školitel – uchazeč.

9. Oblast patologické anatomie (histopatologie, imunohistochemické metody)

Školitelé a školitelé-konzultanti: doc. MUDr. MVDr. Jozef Škarda, Ph.D. et Ph.D.

• Téma: Úloha DNA methyltransferáz a jejich izoforem při formování epigenomu u nemalobuněčných plicních karcinomů.

Školitel: doc. MUDr. MVDr. Jozef Škarda, Ph.D. et Ph.D. 

Školitel - konzultant: - doc. Ing. Kateřina Smešný Trtková, CSc.

Anotace: Studium izoforem metyltransferáz v rámci jednotlivých histologických subtypů NSCLC má potenciálně velký diagnostický význam při detekci časného stádia nádorové transformace (časného stádia onemocnění). V neposlední řadě představují různé izoformy DNA metyltransferáz slibný terapeutický cíl. Rozdíly v expresi daných enzymů v rámci širokého spektra nemalobuněčných karcinomů nebyly dostatečně studovány. Cílem dané práce je studium exprese DNA methyltransferáz a jejich izoforem v nádorových vzorcích pacientů s různými histologickými subtypy nemalobuněčných plicních karcinomů. Na buněčných liniích bude derivovaných z primárních nádorů bude dále studován mechanizmus zapojení DNA methyltransferáz a jejich izoforem při formování epigenomu.

• Téma: Analýza funkčních drah DDR a PI3K/AKT/mTOR 

Školitel: doc. MUDr. MVDr. Jozef Škarda, Ph.D. et Ph.D. 

Školitel - konzultant: -

Anotace: Tento cíl zkoumá funkční dráhy spojené s rezistencí a progresí. Projekt předpokládá, že aktivace DDR a PI3K/AKT/mTOR definuje specifické podskupiny SCLC/LCNEC s odlišným biologickým chováním a možným terapeutickým cílením.

Další témata budou stanovena po případné konzultaci školitel – uchazeč.

10.Oblast hematologie a transfuziologie

Školitelé a školitelé-konzultanti: doc. MUDr. Zuzana Čermáková, Ph.D. MHA

Konkrétní téma bude stanoveno po konzultaci školitel – uchazeč.

Poznámka: datum konání příslušné části přijímací zkoušky je 25.5.2026 a je pro uchazeče závazné  (přihlášky je potřeba odeslat do 15.5.2026, doporučujeme předchozí konzultaci se školitelem)